Il y a environ 140 millions d'années, Madagascar aurait été séparé de l'Afrique du côté ouest et de l'Inde du côté est. Les nombreuses formes autochtones de l'île témoignent de l'isolement.
Les premiers hommes à atteindre l'île étaient probablement d'origine indonésienne et malaisienne, de ceux-ci descendent ces ethnies malgaches avec des caractéristiques asiatiques-indonésiennes, comme les Merina. De l'Afrique ensuite vint la migration des peuples bantous qui ont donné ainsi naissance à des groupes ethniques comme les Sakalava et Bara.
Les Arabes, arrivés à Madagascar avant les Européens, avait fondé des colonies principalement dans l'intention de commercialiser des esclaves. Les influences arabes dans les populations locales ont transmis des éléments dans la culture malgache tant en terme de certaines pratiques astrologiques que de noms. Les ethnies malgaches des Antemoro et Antanosy descendent des Arabes.
Les Européens sont arrivés à Madagascar après les Arabes, même Marco Polo dans le ‘Millione’ mentionne Madagascar comme une île mystérieuse et encore inconnue. L'île a été repérée par Diogo Dias, dévié de sa route par une tempête; plus tard portugais, français et hollandais ont tenté d'établir des colonies à Madagascar, avec beaucoup de difficultés causées par des maladies et d'autres éléments.
Avec le colonialisme et la conséquente croissance de la demande d'esclavage par l'Europe, l'équilibre interne du pays était devenu fragile, de sorte que certains malgaches avaient commencé le trafic d’esclaves en échange d'or et d’armes. Ces richesses ont conduit à la formation des premiers royaumes, comme à l'ouest par l'œuvre des Sakalava les royaumes de Menabe et Boina; tandis que le règne de Betsimisaraka fut unifié par les Zaina-Malata.
Ensuite c’est ajouté le règne des Merina, unifié sous Andrianampoinimerina et la capitale fut placée à Antananarivo. Radama I, le successeur, concluant des accords avec les Britanniques par lesquels il obtint leur soutien militaire et économique, entravât la présence des Français. Radama I devint le premier souverain du Royaume de Madagascar.
Dans le contexte de la division coloniale de l'Afrique en 1885, les Britanniques renoncèrent à toute revendication envers Madagascar, laissant liberté totale aux Français. Cette même année, la France déclarât Madagascar un protectorat français.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, les troupes malgaches ont combattu en France, en Syrie et au Maroc. Quand la France est tombée dans les mains des Allemands, Madagascar de conséquence est venu sous le contrôle du gouvernement de Vichy. En 1942, Madagascar a été envahi par les Britanniques qui ont garanti la préservation de la souveraineté française sur l'île.
En 1947, une révolte, brutalement étouffée, essayât de se débarrasser des Français. On parle d'environ 100 000 victimes. En 1958, la République de Madagascar fut créée dans le cadre la Communauté Française et, finalement, le 26 juin 1960, Madagascar est devenue indépendant et Philibert Tsiranana son premier président.
Tsiranana suivit une politique pro-française provoquant le mécontentement de la population. Après une période de transition fut élu le nouveau président Didier Ratsiraka qui modifiât le statut et la politique étrangère dans la direction pro-soviétique. Son parti était le seul légalement reconnu et la liberté de la presse fut considérablement réduite.
Dans les années quatre-vingt le régime faiblit et Ratsiraka changeât sa politique jusqu'à ce que les premières élections multipartites eurent lieu. Jusqu'en 2001, Ratsiraka et son rival Albert Zafy se sont alternés au pouvoir.
En 2001, les élections se sont terminées par des accusations de fraude et d'affrontements armés. Marc Ravalomanana gagne. Mais en 2009, il y a un nouveau coup d'Etat guidé par le dirigeant de l'opposition, Andry Rajoelina.
L'Union européenne, l'Union africaine et les NU se sont opposées à la victoire politique gagnée par la force.
Après des années de gouvernement de transition qui a conduit Madagascar au seuil de la pauvreté extrême, en janvier 2013, le nouveau président Hery Rajaonarimampianina a été élu.
En 2018, cependant, le président sortant n'a pas été reconfirmé lors des élections qui ont vu une compétition serrée entre les deux précédents présidents, à savoir Marc Ravalomanana et Andry Rajoelina. Depuis janvier 2019, le président en exercice est Andry Rajoelina; le pays a retrouvé une stabilité qui lui manquait depuis longtemps, mais il reste très pauvre avec un pourcentage de plus de 70% de la population vivant en dessous du seuil de pauvreté. L'économie est en croissance et le taux d'emploi augmente, mais le revenu par habitant reste parmi les plus bas du monde. L'un des principaux secteurs de l'économie est le tourisme, qui s'est arrêté en raison de la pandémie de Covid-19, avec de graves répercussions sur la situation socio-économique du pays.