Circa 140 milioni di anni fa si ritiene che il Madagascar si sia staccato dall'Africa ad ovest e dall'India ad est. Le numerosissime forme autoctone dell'isola ne testimoniano l'isolamento.
I primi uomini a giungere sull'isola erano molto probabilmente di origine indonesiana e malese, dai quali discendono quelle etnie malgasce con i lineamenti asiatico-indonesiani, quali i Merina. Dall'Africa arrivarono poi migrazioni di popoli bantu che diedero così origine ad etnie come i Sakalava ed i Bara.
Gli arabi, giunti in Madagascar prima degli europei, fondarono insediamenti soprattutto con l'intento di commercializzare gli schiavi. Le influenze arabe nelle popolazioni del posto hanno tramandato degli elementi nelle cultura malgascia sia a livello di alcune pratiche astrologiche che nei nomi. Le etnie malgasce degli Antemoro e degli Antanosy discendono dagli arabi.
Gli Europei giunsero dopo gli arabi in Madagascar, anche Marco Polo nel Milione cita il Madagascar come un'isola misteriosa ed ancora sconosciuta. L'isola fu avvistata da Diogo Dias, portato fuori rotta da una tempesta; in seguito portoghesi, francesi e olandesi cercarono di creare insediamenti in Madagascar, con molte difficoltà per le malattie ed altri elementi.
Con il colonialismo e la conseguente crescita della richiesta di schiavi da parte dell'Europa gli equilibri interni del paese divennero fragili, tanto che alcuni malgasci iniziarono a trafficare schiavi ricevendo oro ed armi. Queste ricchezze portarono alla formazione dei primi regni, quali ad ovest per opera dei Sakalava i regni di Menabe e di Boina; mentre il regno dei Betsimisaraka fu unificato dagli Zaina-Malata.
Successivamente si aggiunse il regno dei Merina, unificati sotto il regno di Andrianampoinimerina e la capitale fu collocata ad Antananarivo. Radama I, il successore, stringendo accordi con gli inglesi, tramite i quali ottenne il loro appoggio militare ed economico, ostacolò la presenza dei francesi. Radama I divenne il primo sovrano del Regno di Madagascar.
Nel contesto della spartizione coloniale dell'Africa nel 1885 gli inglesi rinunciarono a qualsiasi pretesa verso il Madagascar, lasciando totale libertà ai francesi. In quello stesso anno la Francia dichiarò il Madagascar un proprio protettorato.
Nella seconda guerra mondiale delle truppe malgasce combatterono anche in Francia, Siria e Marocco. Quando la Francia finì nelle mani dei tedeschi il Madagascar di conseguenza passò sotto il controllo del governo di Vichy. Nel 1942 il Madagascar fu invaso dagli inglesi che garantirono il mantenimento della sovranità francese sull'isola.
Nel 1947 una rivolta, stroncata in modo brutale, tentò di allontanare i francesi. Si parla di circa 100.000 vittime. Nel 1958 nacque la Repubblica del Madagascar nell'ambito della Communauté Française e finalmente il 26 giugno del 1960 il Madagascar divenne indipendente e Philibert Tsiranana fu il primo presidente.
Tsiranana seguì una politica filo-francese causando malcontento nella popolazione. Dopo un periodo di transizione fu eletto nuovo presidente Didier Ratsiraka che modificò lo stato e la politica estera verso la direzione filo-sovietica. Il suo partito fu l'unico riconosciuto legalmente ed anche la libertà di stampa fu notevolmente ridotta.
Negli anni ottanta il regime vacillò così Ratsiraka modificò la sua politica fino a che furono indette le prime elezioni multi-partitiche. Fino al 2001 Ratsiraka ed il suo rivale Albert Zafy si alternarono al potere.
Nel 2001 le elezioni si conclusero con accuse di brogli e scontri armati. Vinse Marc Ravalomanana. Ma nel 2009 avvenne un nuovo colpo di stato per mano del leader dell'opposizione Andry Rajoelina.
L'Unione Europea, l'Unione Africana e l'ONU si opposero alla vittoria politica ottenuta con la forza.
Dopo anni di governo di transizione che ha portato il Madagascar sulla soglia della povertà estrema, nel mese di gennaio 2013 fu eletto il nuovo presidente  Hery Rajaonarimampianina.